標靶(Target)與探針(Probe)是真正應用在生物晶片上最重要的二個材料, 首先這二個材料必須有相互作用力,或是結合力, 才可達到偵測的目的, 簡單的例子如兩段互補的DNA分子, 或是蛋白質與其配位子(Ligand), 或是抗體(Antibody)與抗原(Antigen)等等, 當然還有許多的例子不限於此範圍, 如中草藥晶片說的是標靶蛋白質與其藥物分子(為植物中的活性成份)都是可以被利用在生物晶片上的例子, 較白話的說法是如果你要找到一種長生不了藥,你必須先了解生不老的生理機制以及作用的蛋白質(標靶)是哪一種, 然後將此蛋白質固定在晶片上, 接著用各種不同的藥物去進行偵測, 若此蛋白質與其中的一種藥物有作用力,可能就表示這種藥有潛力成為長生不老藥, 接下來當然要經過動物實驗及人體臨床試驗的階段才能確定.
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